クラミジア感染症は、一般に不顕性感染が多く、はっきりした症状の現れないものもかなりの数が存在します。しかし、治療を加えない限り自然治癒はなく、持続感染しているのが特徴です。感染しても抗体が出来にくいため、再感染を起こしやすい。主に尿道炎症状が主体です。
男性の場合
排尿時の痛みや尿道不快感と訴えたり、膿の混じった白濁性の尿を排出することがあります。かゆみを伴うこともありますが、一般的に症状は軽い。
放置すると前立腺炎や副睾丸炎を引き起こすことがあります。
女性の場合
白い粘液状のおりもの（帯下）が増える程度で自覚症状が軽く気付かないことが多い。
放置すると子宮頸管炎・卵管炎・子宮内膜炎等を引き起こし、不妊や子宮外妊娠の原因となることがあります。症状が軽いため、感染を見逃していて、早産・流産等妊娠や分娩に与える影響が大きいことが知られています。
一度治って抗体ができても何度でも感染する可能性があるなど、症状の軽さに隠された危険がたくさんあります。
また、クラミジア感染妊婦から新生児に効率に垂直感染（産道感染）して間質性肺炎を起こしたり（生後2〜6ヶ月と遅れて発症し、無熱性）、また結膜炎を起こすことがあるので、放置することは危険です。
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